Команда звездолёта «Энтерпрайз» после очередной миссии возвращается на Землю и обнаруживает, что деятельность и сами принципы работы Объединённой федерации планет подорваны изнутри. Флот скован необъяснимым ужасом и бездействует, пока мир всё глубже погружается в бездну.

Тогда Капитан Джеймс Тиберий Кирк (Крис Пайн) разрабатывает операцию, цель которой — вычислить и поймать злодея, который устроил весь этот хаос на планете и собирается уничтожить всё человечество.

Началась запутанная игра не на жизнь, а на смерть, в ней любовь и дружба будут принесены в жертву ради того единственного, что осталось у Кирка — его команды.