М. Е. Парахненко, прежде всего, театральный художник. Его дипломная работа в Харьковском художественном институте была посвящена театру. Им были созданы эскизы декораций к спектаклю Н. Погодина «Цветы живые», которые экспонировались на Всесоюзной выставке дипломных работ выпускников художественных вузов в Москве.

Парахненко приехал в Белгород в 1962 г. после окончания института. Его первая белгородская работа — спектакль «Сон в летнюю ночь» по пьесе Шекспира. К каждой пьесе он находил свой ключ, предлагал свое прочтение в соответствии с сюжетом спектакля и его образами.

За многие годы работы в БГАДТ им. Щепкина М. Е. Парахненко оформил около 100 спектаклей. О его театрально-декорационных работах тепло, с большой заинтересованностью отзывались рецензенты журналов «Театральная жизнь» и «Художник», а его эскизы декораций на выставках привлекали внимание особой живописностью и выразительностью.

Особое место в творчестве М. Е. Парахненко принадлежит портретам, в которых он стремился полнее раскрыть характер своего современника, запечатлевая на холсте время. Но он никогда не был сторонним наблюдателем своего времени, а был активным общественным деятелем.

В Белгороде Марат Ефимович организовал детскую художественную школу, стал первым ее директором, а также стоял у истоков создания Белгородского отделения Союза художников РСФСР. Он был участником международных, всесоюзных, республиканских, зональных и областных художественных выставок.